杰克奥特曼队长知道杰克身份

应该是知道的。31集乡秀树只是说了句“如果奥特曼遇到危险了，就去找那个宇宙人少年”，这句话是在全队员面前说的，而队长只是最后相信了这个说法

33集乡秀树是独自去对付怪兽的，队长是变装暗自观察这一切，在乡迷茫还要不要帮助愚蠢自私的人类时那一刻提醒乡作为MAT成员的职责就是保护人类对付怪兽但队长本身也是MAT队员，他却选择当旁观者，所以可能他知道了乡的身份所以没有出手。