妙蛙种子最后去哪了

妙蛙种子留在大木研究所。

有一集妙蛙种子决定开凿一个新的湖泊，这个时候起到的领导作用就是号召蚊香蛙们以及穿山王们帮忙，以及最后让宝可梦们齐心协力一起解决巨大岩石的难关。

妙蛙种子经过这件事之后得到了研究所后院宝可梦们的敬爱，成为了万人迷，且只要妙蛙种子一离开，宝可梦们就又会产生纠纷，所以大木博士请求小智暂时将妙蛙种子留在那里，于是，妙蛙种子就这样离队了。

妙蛙种子去大木博士的研究所了。

大木博士的研究所后院有个大麻烦，大量的毽子草、毽子花、毽子棉随着季风飘过来，和走路草、臭臭花、霸王花、美丽花因为水源的问题而引起了争斗。因为考虑到小智的妙蛙种子以前在神奇宝贝乡有照顾其它的神奇宝贝的经验，所以小智就把妙蛙种子传送了回去。