提拔考察时发现档案不全怎么办

视具体情况而定。档案中较重要的资料一般不可缺失。如入党资料，学历证明，处罚（违法违纪）资料，重要时期表现等重要资料如果缺失，应向有关部门、学校进行核实查询，提供书面证明有的还需要向被考察本人询问并提供相关资料，并记入考察材料。