马桶疏通剂会不会影响防水层

不会的。下水管道一般是铸铁或塑料的，而疏通剂一般采用的是强碱，碱对陶瓷、塑料、金属铸铁一般是不会腐蚀的，（强酸才会对金属腐蚀的）只对马桶内的粪便、纤维类有腐蚀作用，需要一定的时间浸泡，可以瓦解粪便，另外碱对粪便有些润滑的效果，也减小的一些流动阻力。

但是毕竟是强碱，有腐蚀性，还是应该尽量少用为好，也不要弄到衣物、皮肤上。