妙蛙種子最後去哪了

妙蛙種子留在大木研究所。

有一集妙蛙種子決定開鑿一個新的湖泊，這個時候起到的領導作用就是號召蚊香蛙們以及穿山王們幫忙，以及最後讓寶可夢們齊心協力一起解決巨大岩石的難關。

妙蛙種子經過這件事之後得到了研究所後院寶可夢們的敬愛，成爲了萬人迷，且只要妙蛙種子一離開，寶可夢們就又會產生糾紛，所以大木博士請求小智暫時將妙蛙種子留在那裏，於是，妙蛙種子就這樣離隊了。

妙蛙種子去大木博士的研究所了。

大木博士的研究所後院有個大麻煩，大量的毽子草、毽子花、毽子棉隨着季風飄過來，和走路草、臭臭花、霸王花、美麗花因爲水源的問題而引起了爭鬥。因爲考慮到小智的妙蛙種子以前在神奇寶貝鄉有照顧其它的神奇寶貝的經驗，所以小智就把妙蛙種子傳送了回去。