曹操在討伐黃巾之亂時的官位是

騎都尉

黃巾起義爆發後，曹操被任命爲騎都尉，隨皇甫嵩前往鎮壓潁川的黃巾軍，因作戰勇敢被提升爲濟南相(太守)。

騎都尉：官名。漢武帝始置。兩漢均置，屬光祿勳，秩比二千石，掌監羽林騎，無定員。晉以後歷代沿置，唐爲勳官十二轉之第五轉，相當於從五品。宋、金沿置。元、是從四品。明文官別爲贊治少尹。清爲世爵名。乾隆元年(1736)改拜他喇布勒哈番漢名騎都尉，在輕車都尉下，雲騎尉上。