什么是上游引物和下游引物

上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物(引物就是单链寡聚核昔酸，基因扩增需要从引物开始)，同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。

普通的PCR反应(就是用来扩增基因片断的反应)，都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。当然也有特殊的时候是单引物或多对引投10同时进行扩增反应的。再另外，引物是一个核昔酸一个核昔酸合成的，一般是20个核昔酸左右的长度，不会用引物去扩增引物的。

引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。

自然中存在有生物的DNA复制引物（RNA引物）和聚合酶链式反应（PCR）中人工合成的引物（通常为DNA引物）。一般所说引物，指DNA引物，以下简称引物。

上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5'位有个磷酸，3'位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5'端的，下游引物是靠近3‘端的。

DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。