三方协议违约金条款由谁填写

由用人单位填写。三方协议是用人单位、应届毕业生和学校三方签订的协议，主要是解决因应届毕业生为毕业前无法签订劳动合同而签订的协议，因为三方协议具有劳动合同的性质，所以用人单位会在三方协议上填写违约金条款来保护双方的权益。