房屋合法性由哪个部门认定

房屋合法性当地自然资源和规划部门认定。

根据《中华人民共和国城乡规划法》第四十条 在城市、镇规划区内进行建筑物、构建物、道路、管线和其他工程建设的，建设单位或者个人应当向城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定镇人民政府申请办理建设工程规划许可证。

申请办理建设工程规划许可证，应当提交使用土地的有关证明文件、建设工程设计方案等材料。需要建设单位编制修建性详细规划的建设项目，还应当提交修建性详细规划。对符合控制性详细规划和规划条件的，由城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府合法建设工程规划许可证。

城市、县人民政府城乡规划主管部门或者省、自治区、直辖市人民政府确定的镇人民政府应当依法将经审定的修建性详细规划、建设工程设计方案的总平面图予以公布。

第六十四条 未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划实施的影响的。限期改正，处建设工程造价百分之五以上百分之十以下的罚款无法采取改正措施消除影响的，限期拆除，不能拆除的，没收实物或者违法收入，可以并处建设工程造价百分之十以下的罚款。

通过事实证据审查，确认房屋权属登记行为的客观性。

事实证据审查主要是审查房屋权属登记行为所认定的事实，该事实能否满足法定的事实要件，其所依据的证据是否确实、充分。多年审判实践证明房屋权属登记行为案件的事实证据审查主要是对总登记、初始登记、转移登记、变更登记、他项权利登记、注销登记等项的审查。这也是审理这类案件审查的重点。

1、总登记。

总登记是指县级以上地方人民政府根据需要，在一定期限内对本行政区域内的房屋进行统一的权属登记。登记机关认为需要时，经县级以上地方人民政府批准，可以对本行政区域内的房屋权属证书进行验证或者换证。

2、初始登记。

初始登记是指新建房屋的所有人，在房屋竣工后向登记机关申请办理的房屋权属登记。集体所有制土地上的房屋转为国有土地上的房屋，其所有人向登记机关申请办理的房屋权属登记亦称为初始登记。

进行初始登记，登记机关应当要求申请人提交身份证明、用地证明文件或者土地使用权证、建设用地规划许可证、建设工程规划许可证、施工许可证、房屋竣工验收资料以及其他有关的证明文件。集体所有制土地上的房屋转为国有土地上的房屋，申请人应当向登记机关提交用地证明等有关文件。登记机关应对申请人提交的全部证明文件进行认真审查核实，经确认无误后，填发制式《房屋所有权证》并颁发给申请人。《房屋所有权证》所记载的内容即是登记机关所认定的事实，申请人所提交的全部证明文件即是《房屋所有权证》所载内容的证据，二者应相互统一，相互印证。这样才能作到登记行为事实清楚、证据确实、充分。