什么是上下游引物

上游引物就是和要扩增基因片断上游序列结合的引物（引物就是单链寡聚核苷酸，基因扩增需要从引物开始），同理，下游引物指与目的基因片断下游序列结合者。

普通的PCR反应（就是用来扩增基因片断的反应），都是有且只有一个上游引物和一个下游引物的，也就是一对引物。因为DNA有两条链啊，半保留复制方式，细节你可以去看看PCR反应原理或生物体的DNA复制等内容。

什么是上下游引物

引物（Primer）在聚合作用的起始时，可以刺激合成另一种大分子，并与反应物以共价键形式连接的序列。在核酸化学中，引物是一段短的单链RNA或DNA片段，可结合在核酸链上与之互补的区域，其功能是作为核苷酸聚合作用的起始点，核酸聚合酶可由其3′端开始合成新的核酸链。体外人工设计的引物被广泛用于聚合酶链反应、测序和探针合成等。

自然中存在有生物的DNA复制引物（RNA引物）和聚合酶链式反应（PCR）中人工合成的引物（通常为DNA引物）。一般所说引物，指DNA引物，以下简称引物。

上游引物：DNA分子两端不一样，因为核苷酸分子不是对称的，5'位有个磷酸，3'位是-OH就是：磷酸端和羟基端。DNA复制总是从5’端到3’端，因为DNA聚合酶只能往3’端加核苷酸。所以谁先复制谁上游，往后的就是下游，上游下游是个相对概念，是某一个序列/碱基相对于另一个序列/碱基而言。上游引物是靠近5'端的，下游引物是靠近3‘端的。

DNA是双链，两个链是反向平行的，DNA聚合酶顺着其中一个链走，这个链就是负链，另一个链是反着一段一段复制的，这个是正链。

正义链（sensestrand）是上游引物，反义链（antisensestrand）是下游引物，链的合成方向是从5‘~3’。上游引物又叫正向引物，下游引物叫反向引物，在设计引物的时候一般是以其中的一条链来设的，所以上游引物是与这条链相同的，而反向引物则要反向互补后才行。

上下游引物长度可以不同，主要是两条引物的Tm值要接近不然会降低扩增效率PCR扩增并不要求上下游引物一定要相同长度。但是，如果上下游引物长度相差太远，并不利于扩增反应的进行。这一点可以从primer5.0中的引物评分可以看出来。因此，除非迫不得已，建议将两条引物长度设计的相近，这样引物评分要高一些。也有利于扩增反应的进行。