pcr引物序列怎么写

pcr的引物序列书写都是从5端写向3端，所以正向引物就按原有的序列书写，而反向引物需要反向互补为5端到3端的方向。

此外如果要构载体或者定点突变等等，为了方便标识，酶切位点，突变位点的碱基可以写成小写字母以增加辨识度，引物是照样合成的

PCR引物设计原则

扩增片段大小

80-150 bp(尽量限制在300 bp以内)

Primer长度     17-25 base

GC含量      40-60%(最好45-55%)

Tm值      两条引物的Tm值尽量接近，应用专用软件计算Tm值

序列     整体上碱基不能过偏 个别部分避免GC rich或AT rich(特别是3’端) 避免T/C连续，A/G连续

3'末端序列

3’末端避免GC rich或AT rich

3’末端碱基最好为G 或C

3’末端碱基尽量避免为T

互补性

引物内部或两条引物之间避免3 base以上的互补序列

引物3’末端避免2 base以上的互补序列

特异性

使用BLAST检索，确认引物特异性

RT-PCR用引物

尽量在Exon junction上设计引物，限制基因组DNA扩增